1907年，德國醫(yī)生埃里希·寶隆在上海創(chuàng)辦“德文醫(yī)學堂”，是同濟大學的前身，也是同濟醫(yī)學專業(yè)的開端。20世紀50年代，在全國高等學校院系布局調整中，醫(yī)學院整體遷出至武漢，但同濟人醫(yī)學情結至深，歷經(jīng)百年滄桑后，同濟大學在新世紀之初重建醫(yī)學。2000年4月，同濟大學與原上海鐵道大學合并，在原上海鐵道大學醫(yī)學院的基礎上恢復設立了“同濟大學醫(yī)學院”。經(jīng)過快速發(fā)展，醫(yī)學學科的整體水平已躋身全國醫(yī)學院校前10%。2022年進入教育部直屬優(yōu)質醫(yī)學院校名單（共18所院校入選）。在國際國內排名方面，QS（Quacquarelli Symonds）排名12，泰晤士高等教育THE排名11。2022年臨床醫(yī)學學科進入 ESI 世界前 1‰，8個醫(yī)學相關學科進入ESI世界前1% （世界前沿學科）。臨床醫(yī)學專業(yè)和康復物理治療專業(yè)被列入國家一流本科專業(yè)建設點。
    “十四五”期間，新增國家級、省部級科研平臺7個，包括心臟病全國重點實驗室，實現(xiàn)國家重點實驗室零的突破。新增了一批高層次科技創(chuàng)新領軍人才，柔性引進中國科學院院士1人，新增國際院士3人（劉中民教授當選俄羅斯工程院外籍院士，鄭加麟教授當選歐洲科學與藝術院院士（醫(yī)學學部）和歐洲科學院院士，孫毅教授當選俄羅斯工程院外籍院士），新增長江學者2人、杰青6人、優(yōu)青11人。獲批各類科研項目1524項，科研項目立項總經(jīng)費達12.585億元。截至2025年6月底，牽頭承擔國家重點研發(fā)計劃首席項目18項。獲批國家自然科學基金項目958項，獲資助直接經(jīng)費4.75億元，其中重點重大類項目48項，包括基礎中心項目1項、創(chuàng)新群體2項。作為第一完成單位獲國家、省部級科學技術獎8項，包括國家科技進步獎二等獎1項、省部級科技一等獎6項、何梁何利獎1項。發(fā)表頂刊論文Nature 4篇、Cell 4篇、The Lancet 1篇、NEJM 3篇、BMJ 2篇等20分以上高影響力論文242篇。2020年，學校在復興同濟醫(yī)科的道路上做出重大布局，將同濟大學滬西校區(qū)400余畝土地劃歸醫(yī)學發(fā)展使用，促進醫(yī)學院及附屬醫(yī)院在產(chǎn)學研、醫(yī)教研融合創(chuàng)新發(fā)展。2021年，學校投入近3億，改造修繕科研實驗室、實驗動物中心及生活體育設施空間2萬余平方米。2023年醫(yī)學院整體搬遷至滬西同濟醫(yī)學園區(qū)，未來滬西將建設成為在國際上具有較高影響力的醫(yī)學教育培訓的高地，醫(yī)學科學創(chuàng)新的高地，醫(yī)工交叉創(chuàng)新高地，區(qū)域融合產(chǎn)學研轉化高地。同時，與市區(qū)兩級政府深入合作，打造“一核、一城、一岸”，即以同濟大學醫(yī)學院為輻射源，打造生命健康策源核，成為國內一流的環(huán)同濟國家生物醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)園區(qū)，并同步帶動建設TOP智創(chuàng)城、蘇河生命水岸，初步形成超百億級環(huán)同濟醫(yī)學園區(qū)經(jīng)濟圈。